台灣地區地表水的汙染情形嚴重，地下水也不樣不樂觀，造成地下水水質汙染的主要原因可歸納為下列六大類：

1. 有害廢棄物滲入地下含水層，造成地下口質汙染。
2. 地下貯存設施因破損漏出而汙染地下水。
3. 汙染物於輸送過程不慎滲漏所致。
4. 因其他活動的副作用所造成，例如農地施肥、使用殺蟲劑與草劑等，隨灌溉水或於農地內直滲入地下含水層。
5. 因地下開採礦產或石油而造成。
6. 因人類不當活動而造成者，例如超抽地下水致海水入侵、地面汙水池自滲濾等。

1. 公共衛生：病患的排泄物往往含有大量病菌，若流入水體，常會藉著水、水產物而傳染給健康的人．工業廢水的有毒物質也會使水中生物死亡或變異，對人體也有不良的影響；日本著名的水俁病就是食用受到汞污染的水產物所導致的悲劇。
2. 水中生物的影響：水生物都需要適當的溶氧才能生存，但河川常因家庭污水和有機性的工業廢水排入，而消耗水中的溶氧；此外，工業廢水的酸鹼性、有毒物質等等，均會使水資源死亡。民國75年在二仁溪河口發現的綠牡礪，就是最具大代表性的例子。
3. 對農業用水的影響：所造成的損害主要為農作物的枯萎或減產，甚至土質因而變劣而導至農地廢耕。
4. 對自來水的影響：這是水污染中最被關切的問題。跟據資料顯示，台灣地區的淨水廠約有1/5遭受污染，輕者會增加淨水廠的操做成本；嚴重時，水廠甚至被迫放棄。例如南港水廠因基隆河遭受嚴重污染，而不得不放棄。
5. 經濟上的其它損失：酸性廢水會腐蝕河中的鋼造物（如船隻），自來水、工業用水若也使用這種酸性廢水，會加速腐蝕管線、抽水機及其它設備。污染體也常會造成鄰近地區不動產貶值，並降低娛樂價值。

　　在防治技術層面上，點源汙染比非點源汙染易於管理與控制，對於整體的河川水汙染防治效果卻貢獻有限，做好非點源的汙染防治才是治本要務。除了河川有待管制，地下水汙染的防治也同樣刻不容緩，汙染源管治則是防止地下水汙染最有效且基本的方法。其中像化學品意外洩漏的緊急處理、舊有不完善掩埋場的清理、掩埋場滲出水的收集處、地下儲槽與輸送管線的檢漏與處理、農地排水與暴雨逕流的處理、地表與地下儲存設施的管理等，都是亟須積極發展研討的課題。

1. 質的保護：一則防止地面汙染物汙染地下含水層，另一方面要防止地層中汙染群進入地下含水層。至於已存於含水層之汙染群可改變其流動方向、圍堵、移除、抽出、固定等以防止汙染群擴散，或利用生物復育等方式使汙染物不致進入抽水井或含水層中。
2. 量的保護：地下水的天然補注量因季節及時間而有變化，如果地下水抽取量長時間大於有效補注量，地下水位必然劇烈下降，使地下水資源枯竭或水質劣化，而不適於利用，因此必須管制地下水的抽取量。像轉移抽水地點、分散井群、改散養殖用水的始用地下水量、改變農地耕作方式等都可抑制地下水的超抽。

1. 地下水超抽─承戴應力減小，導致地盤沉陷。
2. 地下水水位下降─承戴負荷增加，造成土壤壓密。
3. 地面構造物─由於高樓的建造，引起承戴負荷的增加。
4. 地震─砂性土壤因地震而引起沉陷。
5. 深基礎開挖及採礦─引起地盤移動，而導致地層下陷。
6. 淺覆蓋開挖─隧道、涵動、管線設施作得淺覆蓋開挖等。
7. 地盤本身之上生或下沉現象。

1. 地下含水層破壞，載重增加，孔隙減小，復育困難。
2. 地下水水位下降，引起海水入侵，地下水水質鹽化。
3. 堤岸保護程度減小，維護費用增加，易引起海水倒灌或海堤潰決。
4. 排水設施破壞，原有排水坡度改變，引發排水困難。
5. 基礎滑動，負載不均，結構受損，危害建築物之安全。
6. 沉陷量不均，地下管路受損，影想水工結構物之功能。

　　除此，大部分農藥廢容器被拋置於田間，部分進入垃圾場，由於大都數農藥廢容器在自然界中不易分解腐化，且也殘留有農藥成分，長久累積不僅造成環境汙染，更可能危害人體健康及環境生態。

　　為必免造成回收桶產生臭味及汙染環境，農民在投入之前因以清水反複沖洗空瓶三次，將清洗後的水在倒入噴藥器內做稀釋水使用，才能將空瓶投入回收桶中，以便由專人於固定時間內回收清除之。

　　農藥廢容器之處理，目前乃委託代處理業機構為農藥廢容器之回收清除處理業務，而經回收清處後之農藥廢容器，目前均集中於高雄大發工業區，經壓縮或粉碎、洗滌處理後於予儲存，另農藥工業同業公會亦提供入影帶，供予民眾，以加強宣導，落實回收觀念。

　　此外，改用有機肥料，採輪耕方法、增強作物生長力，以自然天敵來抵抗蟲害等可行方法。採用上述方法雖然可能提高生產成本，種植期間耗時廢力，然而為達到環境保護的目的卻是值得的。