旗後基督教長老會

　　同年六月十六日馬雅各醫生一行轉往臺南府城租屋行醫傳教，但因遭遇當地人排斥，只得於月間返打狗，於旗後街租屋行醫傳教。1867年於旗後山麓，即今臺灣機械修船廠址，購地建醫院、教堂，開啟旗後第一座西醫診所和基督教會的先驅。

　　此後便以旗後教會為根據地，積極向外傳教，於是埤頭街(今鳳山市)(1867)、阿里港(1869)、東港及阿猴(1871)、橋仔頭(1872)、臺南府城(1876)、楠仔坑(1889)等南臺灣街市，陸續建有基督教會。

　　1884年(光緒10年)中法戰爭，北部長老會受到居民報復攻擊，損失慘重，南部並未有騷動，為避免受傷害，旗後基督長老會所有傳教士奉命撤往廈門避難，但教堂並未受損。(依據巴克禮傳記)

　　1933年(昭和8年)，創設私立愛兒園幼稚園，以別於第一公學校附設之公立幼稚園歲的長老巴克禮牧師，由臺南親來主持新教堂的破土典禮，同年六月完工，並以為慶祝長老會在臺傳教七十週年紀念，深具歷史意義。

　　這座仿羅馬式樣且古樸的教堂，一樓作圖書館，開放給社區民眾閱覽自修，內搜藏有首創教會牧師馬醫生所使用的外科工具、藥品、座椅、古老的風琴、教會大事記等珍貴資料，二樓作禮拜堂，確能充份發揮其使用空間。又廣場內有馬雅各醫生的塑像，古老錭鐘，深具歷史意義。